כתב מורנו הרב חיים פלאג'י זיע"א בשו"ת לב חיים (ח"ב סי' קט"ז) ועוד מגדולי המקובלים, שהטוב ביותר לערוך פדיון נפש באשמורת הבוקר כמה שיותר סמוך לעלות השחר, ויזהר מלעשות הפדיון בתחילת הלילה. ויקח ק"ס מטבעות כסף הגם שיהיה שווין קל (ושיעורו 4 גר' כסף טהור) כדי שיהיו מספר ק"ס, ותיבת כסף גימ' ק"ס, גם כסף הוא רמז לחסד, ולכן טוב שיהיו ק"ס מטבעות כסף, ואם מטה ידו לעשות מק"ס פרוטות נחושת, ועי"ש.

ואין נוהגין לעשות פדיון נפש בסתם, אלא רק כאשר אדם נמצא בסכנת נפשות ממש, או כאשר ישנו עיכוב ברור על נפש האיש, וראוי להתייעץ קודם לכן עם רב גדול אם צריך הוא לפידון נפש. ובודאי שאין בזה משום עיכוב בכספי צדקה, משום שפדיון נפש הוא ענין מיוחד, ואינו מעכב שאר נתינות צדקה.

כמו"כ נהגו המקובלים לעשות פידון נפש בערב ראש השנה, ובערב יום הכיפורים בעבור כל האנשים אשר מבקשים, והסיבה היא, כיון שבראש השנה האדם נידון, וספרי חיים ומתים פתוחים לפני הקב"ה וכל באי עולם עוברים לפניו כבני מרון מי לחייםומי למוות, וע"כ בודאי דראוי הזמן שהוא סכנת חיים ממש בעבור כל באי עולם, לערוך תיקון פידון נפש. וכן בערב יום הכיפורים, אשר ראוי להשלים שלימות נפשינו בכפרת העוונות ולבוא בפני הקב"ה ביום כפרת העוונות נקי ומושלם בצלם, וע"כ ראוי לערוך בימים אלו. וכן היה נוהג מו"ז המקובל האלוקי רבי סלמאן מוצפי זיע"א, והיה מקפיד מאוד בזה.

וכן כתב בהגהות ספר שער הכוונות, שמהרח”ו היה נוהג בכל ערב ראש השנה וערב יום הכיפורים לעשות פדיון נפש באופן זה. והעושה פדיון זה באופן זה בודאי משלים שנתו, עכ”ל. וכן כתב בעל השמן ששון זיע"א, שבוודאי ישלים שנתו.

ומו"ז המקובל האלוקי רבי סלמאן מוצפי זיע"א ביאר שג"כ כלפי החולה עושים הפדיון הנ"ל, כיון שג"כ החולה נפתחים פנקסיו ודנים בשמים אותו אם להחיותו, וא"כ נהגו לעשות לחולה הפדיון, וכן בערב ראש השנה ובערב יוה"כ. וע"ע לדוד אימי הגרב"ץ מוצפי שליט"א, במה שהאריך בזה בספרו שופר בציון (ר"ה עמו' י"ט), ועי"ש.